Od 1884. godine područje džemata Prnjavor bilo je u vjerskoj nadležnosti Kotarskog vakufsko-mearifskog povjerenstva za Kotar Zvornik.
Današnja prnjavorska džamija nalazi se s desne strane magistralnog puta Tuzla – Kalesija. Tu su bile locirane sve ranije prnjavorske džamije. Nema preciznih podataka o vremenu gradnje prve džamije u Prnjavoru. Austrougarskim popisom iz 1895. godine evidentirano je postojanje mekteba u ovom naselju. Najvjerovatnija je pretpostavka da je taj stari mekteb sagrađen na lokaciji sadašnjeg mekteba, a mještani tvrde da ga je podigla porodica Gazibegović. Popisom stanovništva i imovine iz 1910. godine registrovano je postojanje džamije u Prnjavoru. Prema tvrdnjama mještana, ova džamija imala je manju drvenu munaru. U dokumentaciji JU Arhiv Tuzlanskog kantona pronađen je projekt te stare džamije, iz koga se da zaključiti da je gradnja džamije započela 1905. godine.
Prema kazivanjima mještana, džamija u Prnjavoru nije stradala u toku Drugog svjetskog rata, ali je zbog velikog ugnjetavanja neistomišljenika od strane nove komunističke vlasti islamski život u Prnjavoru bio skoro na izdisaju, i zbog uskraćivanja dozvola za adaptaciju objekta džamije na njemu se sve više primjećivao harabatluk. Hrabri Mustafa ef. Gazibegović je s vremena na vrijeme u tajnosti, na sijelima, podučavao prnjavorsku djecu osnovama islama. Uz velike poteškoće 1951. godine džamija se zalaganjem mještana obnavlja prvi put iza rata. Tada se stara drvena munara zamjenjuje zidanom. Zbog priloga za džamiju i ličnog rada na džamiji ugledne mještane (Omera Kurtića, Smaju i Sefera Huremovića, Latifa Mujkića, Smajla Gazibegovića, Mehmeda Softića) tadašnje komunističke vlasti osudile su na po tri mjeseca zatvora oduzimajući im priloge u novcu i sav kupljeni građevinski materijal. Sve je to osnažilo džematlije – i iz inata – sakupili su još više sredstava i dovršili radove na džamiji i munari.
Godine 1991. džematlije Prnjavora sagradili su novu potkupolnu džamiju, koju su namjeravali svečano otvoriti u ljeto 1992. godine, međutim njezino “proklanjavanje“ zbog agresije je odgođeno do 19. septembra 1998. godine. Munara ove džamije srušena je 9. maja 1992. godine granatiranjem iz aviona srbočetničke (tzv. JNA) vojske. Po prestanku rata pristupilo se renoviranju džamije i rekonstrukciji njezine munare. Munara, visine 45 metara, ponovo je izlivena od betona 1997. godine. Džamija je i formalno otvorena 19. septembra 1998. godine, a otvorio ju je naibu-reis hfz. Ismet ef. Spahić. U džematu se klanjaju svi dnevni namazi, kao i ostali propisani namazi, a maktepska nastava održava se dva dana u hefti.
